Những nhiệm vụ đầu tiên

Sau khi quân Đức tràn vào lãnh thổ Liên Xô tháng 6 năm 1941, Hồng quân liên tiếp chịu những thất bại nặng nề và mất hàng trăm nghìn lính trong các cuộc bao vây của quân đội Đức Quốc xã. Quân đoàn của Malinovsky, bao gồm ba sư đoàn lính súng trường, đã giáp mặt với cuộc Chiến tranh chớp nhoáng (Blitzkrieg) của người Đức trên tuyến Sông Prut. Mặc dù theo luật, các chỉ huy phải lãnh đạo từ phía sau chiến tuyến, Malinovsky đã đích thân đến những khu vực chiến sự ác liệt để chiến đấu và động viên tinh thần các chiến sĩ của ông. Không thể chặn đứng được lực lượng vượt trội cả về quân số và khí tài của Đức Quốc xã, Malinovsky buộc phải rút lui dọc theo bờ Biển Đen nhưng cũng làm thất bại ý đồ của người Đức bao vây lực lượng của ông. Quân Đức thậm chí đã thành công trong việc dồn đội quân của Malinovsky vào Nikolaev, nhưng ông vẫn chọc thủng được vòng vây và rút về Dnepropetrovsk.

Đến tháng 8, Malinovsky được thăng chức Tham mưu trưởng và sau đó là Tư lệnh Tập đoàn quân số 6 của Hồng quân khi này đang bị thiệt hại nặng nề sau những cuộc tấn công của quân Đức. Ông đã thành công trong việc chặn bước tiến của quân đội Đức Quốc xã tại khu vực mặt trận của mình và được thăng hàm Trung tướng. Sau khi Hồng quân rút về Donbass, Malinovsky được giao chỉ huy chiến dịch phối hợp của Tập đoàn quân 6 và Tập đoàn quân 12 để đẩy người Đức ra khỏi khu vực. Tháng 12 năm 1941 ông được bổ nhiệm làm Tư lệnh Phương diện quân Nam gồm ba Tập đoàn bộ binh đã thiệt hại nặng nề và hai Sư đoàn kỵ binh. Tuy gặp khó khăn về lực lượng và trang thiết bị, phương diện quân của Malinovsky vẫn chọc sâu được vào tuyến phòng ngự của quân Đức ở khu vực.

Trận Kharkov

Ngày 18 tháng 1 năm 1942, phương diện quân của Malinovsky và Phương diện quân Tây Nam, dưới sự chỉ huy chung của Timoshenko, đã mở chiến dịch tấn công phối hợp tại Kharkov và đẩy lui được quân Đức 100 km. Tuy nhiên Timoshenko đã đánh giá quá cao khả năng tấn công của Hồng quân và người Liên Xô sau đó đã thiệt hại nặng.

Tháng 7 năm 1942, Phương diện quân Nam được rút khỏi mặt trận và các đơn vị của nó được nhập vào Phương diện quân Bắc Caucasia, Malinovsky trở thành Phó tư lệnh phương diện quân này.

Stalingrad và Phương diện quân Ukraina 3

Nguyên soái Liên Xô Malinovsky và Nguyên soái Trung Quốc Bành Đức Hoài

Sau khi Hồng quân bị quân đội Đức Quốc xã tấn công mãnh liệt tại Stalingrad, Stalin cử Malinovsky giữ chức Tư lệnh Tập đoàn quân 66 được thành lập vội để giữ mặt Tây Bắc của thành phố. Tuy tập đoàn quân này chưa hề có kinh nghiệm chiến đấu nhưng đây là lần đầu tiên Malinovsky được chỉ huy một đơn vị đầy đủ về lực lượng và khí tài. Trong hai tháng 9 và 10 của năm 1942, ông đã chỉ huy cuộc phản kích của Hồng quân, tuy không giành lại được nhiều vị trí, cuộc phản công này đã làm thất bại ý đồ bao vây Stalingrad từ phía Bắc và làm chậm bước tiến của người Đức vào thành phố. Tháng 11 Malinovsky được điều về làm Phó tư lệnh Phương diện quân Voronezh và đến tháng 12 thì ông quay trở lại mặt trận Stalingrad. Ngày 22 tháng 11 tại đây, Hồng quân đã bao vây được Tập đoàn quân số 6 của Đức Quốc xã. Để giải cứu đội quân này, Cụm tập đoàn quân sông Đông của Thống chế Erich von Manstein đã tập trung các đơn vị xe tăng tại Kotelnikovo cách Stalingrad 150 km để tổ chức phản công.

Malinovsky đã chỉ huy Tập đoàn quân Cận vệ số 2 chống lại lực lượng xe tăng của tướng Hoth, tập đoàn quân của ông đã buộc người Đức phải rút lui và phá vỡ hoàn toàn cụm quân Đức ở Kotelnikovo. Đây là lần đầu tiên trong Chiến tranh thế giới thứ hai, một lực lượng thiết giáp lớn của quân đội Đức Quốc xã gặp thất bại nặng nề. Chiến thắng của Malinovsky cũng kết liễu số phân của 250.000 quân Đức và đồng minh phe Trục trong vòng vây Stalingrad. Nhờ chiến tích này, Malinovsky được thăng hàm Thượng tướng và được tặng thưởng Huân chương Suvorov hạng nhất.

Tháng 2 năm 1943, Malinovsky trở lại làm Tư lệnh Phương diện quân Nam, chỉ trong vòng 2 tuần lễ, ông đã đẩy lực lượng của Manstein khỏi Rostov, mở đường cho Hồng quân tiến vào Ukraina. Tháng 3 năm 1943, Malinovsky được phong Đại tướng và Tư lệnh Phương diện quân Đông Nam với nhiệm vụ đẩy quân Đức ra khỏi vùng công nghiệp giàu có Donbass. Sau một trận tấn công bất ngờ vào giữa tháng 10, Malinovsky đã giải phóng được thành phố có vị trí trọng yếu Zaporizhia, đồng thời cắt đứt lực lượng Đức ở phía Nam và cô lập quân Đức ở Krym.

Ngày 20 tháng 10, Phương diện quân Đông Nam được đổi tên thành Phương diện quân Ukraina 3. Từ tháng 12 năm 1943 đến tháng 4 năm 1944, phương diện quân của Malinovsky đã đập tan Cụm quân Nam của người Đức và giải phóng phần lớn miền Nam Ukraina, bao gồm cả Cherson, Nikolaev và thành phố quê hương ông, Odessa.

Rumani và Hungary

Tháng 5 năm 1944, Malinovsky chuyển sang làm Tư lệnh Phương diện quân Ukraina 2. Tại đây ông đã chỉ huy việc đẩy quân Đức ra khỏi phần lãnh thổ còn bị chiếm đóng của Liên Xô và tiến vào Balkan cùng Phương diện quân Ukraina 3 do tướng Fyodor Tolbukhin chỉ huy. Trong Chiến dịch Jassy-Chişinău vào cuối tháng 8, đầu tháng 9, Malinovsky và Tolbukhin đã bao vây và đánh tan đạo quân gồm hơn nửa triệu lính Đức và 400.000 lính Rumani, buộc quân đội Rumani phải rút khỏi phe Trục. Nhờ chiến thắng này, ngày 10 tháng 9 năm 1944, Rodion Malinovsky được phong Nguyên soái Liên bang Xô viết. Ông cũng là Cao ủy của phe Đồng minh tại Rumani.

Nguyên soái Rodion J. Malinowski, Đại tướng Heinz Hoffmann (bộ trưởng Quốc phòng CHDC Đức và Walter Ulbricht Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng CHDC Đức

Tiếp tục cuộc truy kích quân Đức, Malinovsky vượt Nam Carpath tiến vào Transilvania và vào ngày 20 tháng 10 ông chiếm được Debrecen khi này vẫn được một lực lượng lớn của quân Đức bảo vệ. Tuy đã rất mệt mỏi và cần được bổ sung lực lượng sau nhiều chiến dịch liên tục, phương diện quân của Malinovsky vẫn được lệnh tiếp tục tham gia chiếm thủ đô Budapest từ tay quân Đức để mở đường tới Viên trước lực lượng Đồng minh. Cùng với sự hỗ trợ của Tolbukhin, Malinovsky bắt đầu thực hiện nhiệm vụ khó khăn khi Adolf Hitler đã ra lệnh phải giữ Budapest bằng mọi giá. Quân đội Đức cùng đồng minh Hungary định biến thành phố này thành "Stalingrad của người Đức" với một phần còn lại của lực lượng thiết giáp danh tiếng Đức Quốc xã (chiếm một phần tư lực lượng thiết giáp của quân đội Đức), ngoài ra còn lực lượng quân Đức rút về từ Ba Lan và Đông Phổ. Tuy vậy, khả năng chiến thuật và chỉ huy xuất sắc của Malinovsky đã giúp phương diện quân của ông vượt qua sự mỏi mệt và chiến thắng quân Đức tại Budapest ngày 13 tháng 2 năm 1945. 70.000 quân Đức bị bắt làm tù binh. Tiếp đó Malinovsky đuổi quân Đức qua Slovakia, giải phóng Bratislava và vào ngày 13 tháng 4, lực lượng Hồng quân do ông chỉ huy chiếm được Viên. Với những chiến thắng liên tiếp kể trên, Malinovsky đã được tặng thưởng huân chương cao quý, Huân chương Chiến thắng.

Chiến dịch cuối cùng của Malinovsky ở mặt trận phía Tây là chiến dịch giải phóng Brno thuộc Séc, tại đây lực lượng của ông đã hội quân với quân Mỹ.

Mặt trận Viễn Đông

Sau khi quân Đức đầu hàng hoàn toàn tháng 5 năm 1945, Malinovsky được điều tới vùng Viễn Đông để làm Tư lệnh Phương diện quân Zabaikal. Tháng 8, phương diện quân của Malinovsky tấn công Mãn Châu Lý khi này do hơn một triệu quân Quan Đông của Nhật chiếm đóng. Chỉ sau 10 ngày quân đội Nhật hoàng đã thất bại hoàn toàn, đây được coi là chiến thắng lớn của nghệ thuật chiến tranh chớp nhoáng của Hồng quân. Malinovsky được phong danh hiệu cao quý nhất của Hồng quân, danh hiệu Anh hùng Liên bang Xô viết.